Chiều dài cơ thể lớn nhất được ghi nhận ở D. marginatus là 6 cm.[3] D. marginatus cùng Dascyllus carneus là hai loài có kích thước nhỏ nhất trong chi, hiếm khi vượt quá 5 cm.[4] Cả hai loài này nằm trong nhóm phức hợp loài Dascyllus reticulatus cùng với Dascyllus flavicaudus.[5]

D. marginatus có màu trắng, phớt vàng ở nửa thân trên. Vảy cá được viền màu xanh lam nhạt. Gai vây lưng trắng và có dải đen ở rìa, vây hậu môn cũng có dải viền đen tương tự. Vây lưng mềm, nửa sau vây hậu môn và vây đuôi trong mờ. Vây bụng màu đen. Vây ngực trong suốt, có đốm đen lớn ở gốc.[6]

Số gai ở vây lưng: 12; Số tia vây ở vây lưng: 14–15; Số gai ở vây hậu môn: 2; Số tia vây ở vây hậu môn: 13–14; Số gai ở vây bụng: 1; Số tia vây ở vây bụng: 5; Số tia vây ở vây ngực: 17–19; Số vảy đường bên: 15–19.[6]